Anders als die meisten seiner Zeitgenossen leidet der Honda S 800 nicht so sehr unter Rostproblemen. Zum einen ist er recht gut geschützt - bereits 1966 waren einige Bleche des Honda S 800 verzinkt. Zum anderen lässt er sich mit seiner am Rahmen verschraubten Karosserie leichter in Stand setzen als ein Auto mit selbsttragender Struktur.
Rosten kann der kleine Honda S 800 natürlich dennoch. Am häufigsten betroffen sind die vorderen Kotflügel samt der Lampentöpfe, Türen und Hauben sowie die auch bei anderen Fahrzeugen üblichen Verdächtigen wie etwa Frontblech, Schweller und Bodenbleche. Rost an der Heckklappe ist beim Honda S 800 Coupé ebenfalls häufig anzutreffen. An der tragenden Struktur des Rahmens ist dagegen seltener Korrosion zu finden.
Die leidet mitunter an schlecht reparierten Unfallschäden, weil viele Honda S 800 - vor allem natürlich Coupés - in den vergangenen Jahrzehnten als billige Sportwagen verheizt wurden. Viel Wert sollte der S 800-Interessent auch auf Vollständigkeit und Originalität seines Honda legen. Fehlende Teile wie etwa Original-Räder, Embleme, Lenkrad oder Chromzier sind nur sehr schwer und zu hohen Preisen aufzutreiben.