Jürgen Hubbert schloss 1965 sein Studium im Fach Maschinenbau und Kraftfahrzeugwesen als Diplomingenieur ab. Im selben Jahr trat er in die damalige Daimler-Benz AG ein, wo er im Bereich Verfahrensentwicklung des Werkes Sindelfingen bis 1973 in verschiedenen technisch-planerischen Funktionen tätig war.
Im Jahr 1987 wurde Hubbert zum stellvertretenden Vorstandsmitglied der Daimler-Benz AG ernannt. Im Zuge der Umstrukturierung des Konzerns bestellte man Hubbert zum Vorstandsmitglied der 1988 neugegründeten Mercedes-Benz AG. In dieser Funktion trieb er die Entwicklung von Modellreihen wie der A-Klasse oder dem Smart voran.
Im Jahr 2004 trat Jürgen Hubbert in den Ruhestand ein.
Hubbert ist Mitglied des Aufsichtsrats der Industriewerke Karlsruhe-Augsburg AG sowie Vorsitzender des Aufsichtsrats der H.W.A. AG. Im Dezember 2004 wurde ihm das Verdienstkreuz 1. Klasse des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland verliehen.